始建于1958年，眼外伤及眼科疑难重症的诊治方面处于国内领先水平，国家卫生计生委委管的集医疗/教学/科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。
北京大学第三医院（简称“北医三院”）始建于1958年，是国家卫生计生委委管的集医疗、教学、科研和预防保健为一体的现代化综合性三级甲等医院。现有在岗职工4861人，开放床位1755张。医院设有36个临床科室、10个医技科室。拥有27个博士点、1个临床博士后流动站。
北医三院拥有国内较强的脊柱外科和世界规模大、治疗方法齐全的生殖医学中心之一。
在几代人的共同努力下，北医三院已发展成为国内高水平的大型综合性医院。
2017年，年服务门急诊患者近399.11万人次，年服务出院患者10.31万余人次，年手术量6.15万余例次，在我院住院分娩新生儿总数为5272人，平均住院日为5.78天。多次受到国家卫生计生委和北京市卫生计生委的表彰。在北医三院住院患者中，三分之一以上是来自全国各地的疑难杂症患者。
北医三院拥有18个北京市住院医师规范化培训专业基地、2 个国家卫生健康委员会专科医师规范化培训基地、2个北京市住院医师规范化培训技能考核中心。作为北京大学临床医学院，每年近800名医学生、350余名博士生、硕士生在此临床学习。同时，还承担着1500余名进修医生和近400名北京市住院医师规范化培训任务。
北医三院拥有3个教育部创新团队：骨科、运动医学研究所、妇产科。2009年至2016年，我院中华医学会等主系列副主委以上现任兼职114人次； 39人次在中国科技论文统计源期刊收录杂志任主编或副主编，涉及14个科室。
2016年，消化科牵头承担的“十二五”国家科技支撑计划课题“幽门螺杆菌感染诊治的多种因素一次性检验技术平台的研究”通过科技部和国家卫生计生委验收；妇产科牵头承担的“973”国家重大研究计划项目课题“雌性生育力维持调节机制研究及生殖资源库建立”通过科技部项目结题验收。2017年1月，我院签署3D打印人体植入物科研成果产业化协议。
北医三院以强烈的社会责任感积极投身公立医院改革。近年来不断提高管理水平，参与多个重大项目和课题的研究，取得成果被政府相关管理部门所采纳。同时，医院还承担着国家重大活动的医疗保障工作，承担着重大突发事件的医疗救援任务。